Tuy nhiên, hệ thống các văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh hoạt động của các hội còn chồng chéo, trùng lắp, thiếu thống nhất. Ngay từ khi mới ra đời, Nghị định 45/2010 đã vấp phải nhiều ý kiến phản ứng khác nhau từ xã hội. Là một tổ chức chịu sự chi phối của Nghị định này, Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam (Liên hiệp Hội Việt Nam) và các hội thành viên đã tổ chức rất nhiều cuộc hội thảo nhằm lấy ý kiến góp ý cho Nghị định. Sau các cuộc hội thảo, đã có nhiều ý kiến gửi tới các cơ quan soạn thảo cũng như đề xuất Chính phủ ban hành văn bản thay thế cho Nghị định 45, thậm chí còn đề xuất dự thảo song song với dự thảo Luật về Hội trình Quốc hội nhằm nâng cao tính pháp lý đối với tổ chức và hoạt động hội.
Đã có nhiều ý kiến góp ý sửa đổi Nghị định 45/2010 chủ yếu tập trung vào quy trình cấp phép thành lập hội chưa rõ ràng, quy trình cấp phép còn lúng túng; chưa quy định rõ trách nhiệm bảo lãnh, bảo hộ, trách nhiệm của cơ quan quản lý chưa rõ ràng; sự phối hợp giữa các bộ ngành thiếu đồng bộ, chưa cụ thể nên khó thực hiện, chưa phát huy được trách nhiệm của các bộ ngành, cơ quan thuộc Chính phủ đối với hoạt động của các hội…Sau khi có phản ứng từ phía các hội, 2 năm sau đó, Chính phủ ban hành Nghị định 33/2012 nhằm sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 45/2010. Tuy nhiên, theo đánh giá của nhiều chuyên gia, Nghị định 33 hầu như giữ nguyên so với Nghị định 45, không có sự thay đổi nhiều. Do đó, Nghị định 45/2010 vẫn được coi là văn bản điều chỉnh hoạt động hội chủ yếu. Trước tình hình đó, nhiều nhà khoa học và các chuyên gia đã đề xuất phải gấp rút tiến hành xây dựng Luật về Hội. Tuy nhiên, sau rất nhiều lần nâng lên đặt xuống, Luật về Hội vẫn chưa thể ra đời. Sau 7 năm triển khai, Nghị định 45/2010 vẫn tiếp tục là đề tài nóng hổi trong tổ chức và hoạt động của các hội.
Để có thêm căn cứ cho các nhà soạn thảo Luật về Hội, ngày 19/12/2017, Liên hiệp Hội Việt Nam đã tổ chức hội thảo “Nghị định 45/2010: Thực tiễn triển khai và những vấn đề đặt ra”. Hội thảo cũng đã thu hút được sự chú ý và tham gia của đại diện Ban Tuyên giáo Trung ương, Bộ Nội vụ, nhiều viện nghiên cứu, trường đại học, các hội thành viên của Liên hiệp Hội Việt Nam, các nhà khoa học, nhà quản lý…TS Phạm Văn Tân, Phó Chủ tịch kiêm Tổng Thư ký Liên hiệp Hội Việt Nam, TSKH Nghiêm Vũ Khải, Phó Chủ tịch Liên hiệp Hội Việt Nam chủ trì và phát biểu khai mạc hội thảo.
Tại hội thảo, các nhà khoa học tiếp tục bàn sâu về những bất cập mà trong quá trình triển khai Nghị định 45/2010. Trong bối cảnh Hiến pháp năm 2013 ra đời và một số văn bản của Đảng và Nhà nước ban hành, Nghị định 45 đã thể hiện sự không phù hợp với điều kiện thực tiễn.
Tại hội thảo, nhiều đại biểu cho rằng về khía cạnh hiệu lực quản lý của Nhà nước, cho đến nay, Luật số 004 quy định quyền lập hội vẫn là đạo luật cao nhất quy định về vấn đề này và được cụ thể hóa bằng Sắc lệnh 102/SL/L004 ngày 20/5/1957. Theo đó, tính đến nay chưa có đạo Luật nào thay thế cho Luật số 004 mặc dù thời gian gần đây Luật về Hội đã được bàn thảo rất nhiều. Đáng tiếc trong thực tế, đạo luật này gần như chỉ mang tính tham khảo.
Quay trở lại Nghị định 45, sau gần 7 năm ra đời đã thể hiện những bất cập cho dù sau này đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 33/2012/NĐ-CP. Sự bất cập đã đã được các đại biêu nên lên thể hiện trên nhiều khía cạnh: thủ tục thành lập rườm rà không cần thiết, quá trình phê duyệt điều lệ, quy định về tiêu chuẩn của người lãnh đạo hội, quy định về hội đặc thù…Đáng chú ý, các đại biểu còn cho rằng các quy định của Nghị định 45 không chỉ gây khó khăn cho hoạt động của các hội mà vô tình còn gây khó cho các cơ quan quản lý Nhà nước, tạo ra sự thiếu thống nhất trong công tác quản lý. Theo TS Phạm Văn Tân, Phó Chủ tịch kiêm Tổng thư ký Liên hiệp Hội Việt Nam cho rằng Nghị định có 42 điều nhưng có tới 25 lần viết “theo (hoặc phù hợp với) quy định của pháp luật”, 2 lần viết “theo quy định của Nhà nước”. Người dân rất khó biết theo quy định của pháp luật hay Nhà nước cụ thể là những quy định gì? đã có hay chưa có?
Bên cạnh đó, TS Trần Việt Hùng, nguyên Phó Chủ tịch Liên hiệp Hội cho rằng, với hơn 68.000 hội hoạt động trên cả nước, việc giám sát, kiểm tra hoạt động của các hội là bất khả thi trong bởi cơ quan quản lý Nhà nước mà cụ thể là Vụ Tổ chức phi chính phủ với đội ngũ nhân lực có vài người.
Đề cập đến khía cạnh khác, GS.VS Trần Đình Long – Hội Giống cây trồng Việt Nam thì cho rằng, quyền mà ông quan tâm nhất trong các văn bản pháp luật đó là quyền làm chủ về các hoạt động tư vấn, phản biện và giám định xã hội (TVPB&GĐXH). Ông cho rằng, phải có chế tài bắt buộc các chương trình, dự án lớn phải lấy ý kiến phản biện của các hội. Qua đó, tránh tình trạng như hiện nay việc lấy ý kiến hay không, không quan trọng, không có cơ quan nào giám sát chuyện đó.
Tại hội thảo, ý kiến của các đại biểu nhìn chung cho rằng cần phải sửa đổi, bổ sung Nghị định 45, nếu thay thế bằng văn bản mới là phương án tối ưu nhất trong điều kiện chưa ban hành được Luật về Hội. Tuy nhiên, văn bản mới phải đảm bảo tôn trọng quyền lập hội của công dân trên tinh thần tạo điều kiện thuận lợi để công dân thực hiện quyền đó. Liên hiệp Hội Việt Nam cần hình thành tổ công tác nhằm rà soát, đánh giá lại các văn bản quy phạm pháp luật, qua đó đưa ra những đề xuất, kiến nghị nhằm khắc phục những bất cập nêu trên.
TSKH Nghiêm Vũ Khải thay mặt cho lãnh đạo Liên hiệp Hội Việt Nam tiếp thu ý kiến của các đại biểu trình bày tại hội thảo. Các ý kiến này, sẽ được Liên hiệp Hội Việt Nam tổng hợp và đưa ra văn bản kiến nghị đối với Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Quốc hội và Chính phủ nhằm tháo gỡ khó khăn trên tinh thần hợp tác và xây dựng.